Issu d’une famille de musiciens, il débuta dès l’âge de 11 ans sur cet instrument. Au Conservatoire national supérieur de Paris, il fut l’élève, entre autres, de Paul Dukas, Jean Roger-Ducasse, André Bloch, Georges Caussade et de Marcel Dupré.

Mobilisé au début de la Seconde Guerre mondiale, il mourut lors du conflit.

Sur à peu près dix années, il composa essentiellement des pièces d’orgue dont les plus célèbres restent les Litanies (1937) et les Trois Danses, ces dernières initialement prévues pour orchestre et transcrites secondairement pour orgue peu avant sa mort.

Sa sœur, l’organiste Marie-Claire Alain, joua régulièrement ses œuvres.

Dans le caveau de famille de Saint-Germain-en-Laye fut inhumé son père, Albert ALAIN (1880-1971). Ancien élève de Gabriel Fauré et de Guilmant au Conservatoire de Paris, il fut organiste de l’église de Saint-Germain-en-Laye et compositeur de musique religieuse. C’est également dans ce tombeau que repose son frère, Olivier ALAIN (1918-1994). Pianiste, critique musical, musicologue reconnu, inspecteur général de la musique au Ministère de la culture, il avait été élève de Tony Aubin et d’Olivier Messiaen au Conservatoire de Paris, avant d’être nommé directeur du Conservatoire de St-Germain-en-Laye (1950-64) et directeur de l’Ecole supérieure de musique César Franck (1961-72) où il enseignait la composition et l’analyse musicale. Il était également critique musical au Figaro, aux Nouvelles Littéraires et à La Croix. C’est lui qui avait fondé, en octobre 1976, le Conservatoire National de Région de Paris qu’il dirigea d’ailleurs durant une dizaine d’années.

Néanmoins, Jehan Alain ne repose pas avec eux mais dans la section militaire du cimetière de la commune voisine, Le Pecq. Marie-Claire Alain repose quant à elle au nouveau cimetière de Saint-Germain-en-Laye.