Professeur de clinique et de médecine opératoire à la Faculté de médecine de Strasbourg et au Val de Grâce, il participa à la campagne de Russie et aux dernières batailles de Napoléon. Membre de l’Académie de médecine, il laissa de nombreux ouvrages. c’est également à Bégin que l’on doit l’organisation de l’arsenal chirurgical de l’armée, œuvre si complète et si régulière, qu’elle a servi de modèle à la plupart des nations de l’Europe.
L’hôpital d’instruction des armées Bégin à Saint-Mandé porte son nom en hommage.
Il fut en un premier temps inhumé au cimetière de Locronan (29), puis fut transféré plus tard à Montparnasse. Sa première plaque tombale figure toujours contre le mur, à l’entrée du cimetière de Locronan.
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