Cette église, surnommée la cathédrale des sables, tire ses origines du XVe siècle. Néanmoins, elle fut touchée en 1940 par des bombes incendiaires et il n’en resta que les murs, ce qui nécessita une restauration qui se poursuivit jusqu’en 1985.

C’est dans cette église que repose la grande figure de Dunkerque, le corsaire Jean BART (1650-1702), qui s’illustra durant les guerres de Louis XIV. Il commença à naviguer à quinze ans et participa en 1667 au raid hollandais sur la Tamise. Pendant la guerre de Hollande, il fut corsaire pour le compte de la France et accumula les prises (plus de cinquante entre 1674 et 1678). Admis dans la Marine royale avec le grade de lieutenant de vaisseau en 1679, il croisa en Méditerranée contre les Barbaresques et fut promu capitaine de frégate en 1686. En 1689, il fut fait prisonnier par les Anglais, s’évada et revint à Saint-Malo en traversant la Manche à la rame. Promu capitaine de vaisseau la même année, il mit au point une tactique de guerre fondée sur l’utilisation de divisions de frégates rapides et maniables, sorte de « préfiguration des meutes de sous-marins de la Seconde Guerre mondiale ». En 1690, il commanda L’Alcyon à la bataille du cap Béveziers, puis il escorta les convois en mer du Nord après avoir brisé le blocus imposé à Dunkerque. Son exploit, sans doute le plus célèbre, qui lui valut des lettres de noblesse, fut la reprise sur les Hollandais devant le Texel d’un énorme convoi de cent-dix navires chargés de blé que la France avait acheté à la Norvège. En 1696, il livra sur le Dogger Bank un violent combat à une escadre hollandaise, détruisant plus de 80 navires, et rentra à Dunkerque en déjouant la surveillance anglaise. Promu chef d’escadre en 1697, il conduit le prince de Conti en Pologne, puis commanda la marine à Dunkerque.

En 1928, à la suite de fouilles réalisées dans l’église, on retrouva les ossements de Jean Bart, ce qui permit d’estimer sa taille à 1,90 m. Les autorités locales décidèrent de changer le cercueil du corsaire. Cependant avant de l’enterrer à nouveau, les restes du marin furent exposés dans un cercueil de verre pendant 8 jours dans l’église.

La ville de Dunkerque afin d’honorer la mémoire de Jean Bart, inaugura, en1845, une statue à son effigie, œuvre du sculpteur David d’Angers, érigée sur l’ancienne place Royale, rebaptisée Place Jean-Bart. Trônant au centre de la ville, Jean Bart reste encore vivant dans les cœurs des gens. Chaque année au moment du carnaval, les Dunkerquois chantent à genou devant sa statue la cantate à Jean Bart. Plus de 27 navires, en moins de deux siècles, ont porté le nom de Jean Bart.