La cathédrale Saint-Pierre-Saint-Paul-et-Saint-André a été élevée au rang de cathédrale en 1742. Elle a été fondée en tant qu’abbaye Saint-Oyend au XIVe siècle. En 1952, elle est élevée au rang de basilique par le pape Pie XII.

On y trouve les restes de Claude (ca607-699), évêque de Besançon. Issu d’une des plus anciennes familles romaines de Bourgogne, les Claudia, il se distingua par ses vertus et son amour pour les lettres. Il fut élevé à l’épiscopat en 685, mais se démit dès 692 de son évêché pour s’enfermer au monastère de Saint-Oyand-de-Joux. On l’honore le 6 juin. Il est le saint patron des tourneurs sur bois, qui sont nombreux dans le Haut-Jura.

On retrouva son corps intact au XIIe siècle, et son tombeau devint lieu de pèlerinage où se rendirent en particulier Louis XI et Anne de Bretagne. Placé dans une ancienne église, son corps fut transféré ici en 1754. En 1794, il fut brûlé dans le réfectoire du couvent des Carmes : seuls l’avant-bras gauche et un index échappèrent à la destruction. Au début du XIXe siècle, on fit construire la chasse actuelle et on y plaça une effigie en cire. Dans cette chasse se trouve un reliquaire construit par l’orfèvre Goudji qui contient l’index.